Kandydaci (strażnicy praktykanci Straży Ochrony Kolei) po przyjęciu do służby kierowani są na „Kurs podstawowy na funkcjonariusza Straży Ochrony Kolei” do Ośrodka Szkolenia Zawodowego Straży Ochrony Kolei oraz Hodowli i Tresury Psów Służbowych w Zbąszyniu (woj. wielkopolskie) lub jego filii w Przemyślu.
Ogólny czas trwania kursu wynosi 60 dni roboczych, tj. 480 godzin. Na zakończenie kursu podstawowego przeprowadzany jest egzamin teoretyczny, w zakres którego wchodzi test wiedzy ogólnej i egzamin ustny oraz egzamin praktyczny, obejmujący egzamin strzelecki, techniki interwencji oraz test sprawności fizycznej tj. (bieg wahadłowy 4 x 10 m. z kozłowaniem piłki, skłony tułowia w przód z leżenia tyłem, rzut oburącz piłką lekarską 3 kg. (mężczyźni), 2 kg. (kobiety) zza głowy w przód, uginanie i prostowanie ramion w podporze przodem (mężczyźni), podporze na kolanach (kobiety), marszobieg na 1000 m. (mężczyźni), 800 m. (kobiety) – zamiennie bieg po kopercie. Zaliczenie na ocenę pozytywną egzaminu teoretycznego i egzaminu praktycznego warunkuje ukończenie kursu podstawowego przez kandydata.

Po ukończeniu kursu podstawowego funkcjonariusze Straży Ochrony Kolei realizują zadania służbowe na wyznaczonych stanowiskach służbowych i mogą zostać skierowani na inne wewnętrzne kursy specjalistyczne. Ponadto wszyscy funkcjonariusze Straży Ochrony Kolei uczestniczą w corocznych wewnętrznych kursach doskonalących, gdzie odbywają oprócz szkolenia teoretycznego również szkolenie strzeleckie oraz zajęcia z taktyk i technik interwencji.