KOMENDA GŁÓWNA STRAŻY OCHRONY KOLEI jest zakładem pracy usytuowanym w strukturach PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. Jest ona nadrzędną jednostką organizacyjną w skład, której wchodzi 16 KOMEND REGIONALNYCH STRAŻY OCHRONY KOLEI.
Komendom Regionalnym podlega 78 POSTERUNKÓW STRAŻY OCHRONY KOLEI, które zlokalizowane są na terenie całego kraju.
W strukturze organizacyjnej Komendy Głównej Straży Ochrony Kolei znajduje się jedyny funkcjonujący od roku 1945 do dziś OŚRODEK SZKOLENIA ZAWODOWEGO SOK ORAZ HODOWLI I TRESURY PSÓW SŁUŻBOWYCH w ZBĄSZYNIU z filią Przemyślu.